Il complesso di stazione ha una superficie di oltre 30mila metri quadrati, compresi due parcheggi per complessivi oltre 1400 posti auto (attualmente ne sono operativi 487, di cui 12 riservati ai disabili e 4 «rosa»: non perché il parcheggio sia sottoposto a sequestro, ma perché in realtà i parcheggi sono due, come due sono gli ingressi della struttura, e attualmente ne è aperto uno solo, poiché dall’altro lato i lavori debbono ancora essere ultimati e il suolo viene adoperato per lo stazionamento dei mezzi da lavoro) nonché 53 stalli taxi e 8 bus, che ne fanno il maggior parcheggio ferroviario in Italia.
La stazione è una delle pochissime ad avere un parcheggio interno ed è una delle uniche due (l’altra è la Mediopadana di Reggio nell’Emilia) in cui esso non è stato ricavato successivamente. Le stazioni ferroviarie tradizionali hanno infatti i fabbricati viaggiatori direttamente confinanti con aree pubbliche. In questo caso, invece, l’area di pertinenza della stazione comprende anche il piazzale, di proprietà del gestore dell’infrastruttura (Rfi) e nel quale ci si immette accedendo alla pubblica strada.
La parte coperta dell’impianto, alta 170 metri, consta di 10mila metri quadrati distribuiti su 4 livelli (uno non è ancora stato ultimato), che si sviluppano principalmente all’interno di un serpentone lungo quasi 400 metri.
La vetrata, di oltre 5mila metri quadrati, è realizzata con particolari pannelli, definiti intelligenti, che regolano l’illuminazione attraverso la luce solare: la luce elettrica è utilizzata solamente dopo il tramonto. Il volume principale è caratterizzato da altri 6mila metri quadrati di vetrate.
I binarî sembrano pochi, ma in realtà così non è: una stazione di transito per definizione non accoglie treni in sosta e pertanto non necessita di molti binarî. A regime saranno 9: oltre ai 2 di fermata e 2 di corsa (con relativi deviatoî) della linea Ac/Av per Roma (il cui chilometro 0 è proprio nella stazione di Afragola), altri 2 collegheranno l’impianto con le linee storiche e con la nuova linea Ac/Av per Bari e infine ci saranno 3 binarî a scartamento ridotto, di cui due tronchi, per la variante della ferrovia Eav Napoli-Baiano (ex Circumvesuviana).
È prevista altresì una possibilità di ampliamento di ulteriori 10mila metri quadrati, che potrebbe rivelarsi necessaria qualora il traffico superi le aspettative, cosa non improbabile quando tutti gli ammagliamenti saranno pronti.
Molti si domandano se fosse davvero necessario realizzare una struttura così grande per così pochi binari. La risposta è sì, se consideriamo i flussi di passeggeri stimati allo stato (circa 12mila al giorno) e a regime (dai circa 33mila ai quasi 45mila solo per l’alta velocità, a seconda dei criteri di calcolo; i viaggiatori annui sono stimati in 435mila su un bacino potenziale di oltre 3 milioni). Inoltre la stazione è concepita non come mera fermata ma come nuova piazza urbana, secondo un modello peraltro ampiamente consolidato per le stazioni situate nelle città medie e grandi. Questo vuol dire che non fungerà semplicemente da luogo di arrivi e partenze, ma vi si transiterà anche per ragioni estranee al traffico ferroviario (attività commerciali e di ristorazione, appuntamenti, servizi vari).